۹-۲) پاساژ بافتی
بافت­های تثبیت شده در فرمالین دارای مقدار زیادی آب هستند که این آب می ­تواند در تهیه مقاطع بافتی اختلال ایجاد کند، لذا آبگیری از بافت­ها جهت بوجود آمدن قوام و سفتی ضروری به نظر می­رسد. این اعمال طی پاساژ یا گردش بافت صورت می­گیرد. مراحل پاساژ بافت عبارتند از:
١-۹-۲) آبگیری (dehydration)
برای آبگیری از الکل اتانول با غلظت­های صعودی به شرح زیر استفاده شد:

١- الکل ٧٠ درجه ١ ساعت
٢- الکل ٨٠ درجه ١ ساعت
٣- الکل ٩٠ درجه ۵/١ ساعت
۴- الکل مطلق I ١ ساعت
۵- الکل مطلق II ١ ساعت
٢-۹-۲) شفاف­سازی (clearing)
این مرحله به منظور زدودن کدورت و افزایش شفافیت بافت می­باشد. گزیلول (زایلین) به عنوان ماده شفاف کننده استفاده می­ شود. زیرا این ماده هم در الکل و هم در پارافین قابل اختلاط است و به برداشتن یا تمیز کردن الکل کمک می­ کند و چون ماده­ای فرار است با قرار گرفتن در حمام پارافین به آسانی تبخیر شده و پارافین مایع جای آن را می­گیرد.
مراحل شفاف­سازی به صورت ذیل انجام گرفت:
١- محلول گزیلول + روغن سدر ١ شب
٢- محلول گزیلول ١ ساعت
٣-۹-۲- نفوذ و آغشتگی
در این مرحله برای نفوذ و آغشتگی، بافت­ها به یک حمام پارافین در یک کوره با دمای Cº۶۰-۵۶ (دمای ذوب پارافین) منتقل شدند. در حین این عمل گزیلل از بافت­ها با پدیده انتشار خارج شده و تبخیر می­گردد و متعاقب آن پارافین برای جانشین شدن گزیلل به داخل بافت انتشار می­یابد.
مراحل آغشتگی به صورت ذیل انجام گرفت:
١- پارافین مذاب ١ساعت
٢- پارافین مذاب II ١ساعت
٣- پارافین مذاب III ٢ ساعت
۴-۹-۲) قالب­گیری
بعد از اینکه بافت­ها مراحل ثبوت و پاساژ بافتی را گذراندند. برای تهیه مقاطع میکروسکوپی لازم است که این قطعات در بلوک­های پارافینی قالب­گیری شوند و برای برش توسط میکروتوم آماده شوند. برای قالب­گیری ابتدا لازم است که پارافین را ذوب نموده و در داخل قالب­های مخصوص ریخته و سپس بافت را بوسیله یک پنس گرم برداشته و در پارافین مذاب قرار دهیم به طوری که سطح برش به طرف کف ظرف قرار گیرد. به منظور شناسایی نمونه­ها، بر روی هر یک از بلوک­های پارافینی تهیه شده، شماره یا نام مربوط به هر نمونه را با مداد نوشته و نصب می­ شود. پس از سرد شدن پارافین و منجمد شدن آن قالب­ها را جدا کرده و بلوک­های پارافینی جهت نگهداری به یخچال منتقل گردیدند.

۵-۹-۲) برش بافت و ثابت کردن مقاطع بافتی بر روی لام
در این مرحله قالب­های پارافینی را از یخچال خارج کرده و با بهره گرفتن از دستگاه میکروتوم دوار برش­هایی با ضخامت ۵ تا ٧ میکرون از بافت مورد نظر تهیه می­ شود. برش­های حاصل را به حمام آب گرم با دمای Cº۴۵ منتقل کرده و با این کار چین خوردگی­هایی که حین برش بوجود آمده بود از بین می­روند. برای چسباندن نمونه­ها به لام از چسب آلبومین استفاده می­کنیم. سپس لام­ها به مدت ٢۴ ساعت در هوای آزمایشگاه باقی ماندند تا کاملأ خشک شوند.
۶-۹-۲) طرز تهیه چسب آلبومین
سفیده تخم­مرغ و گلیسرول را به نسبت مساوی با هم مخلوط کرده و یک قطعه تیمول به عنوان محافظ برای جلوگیری از رشد باکتری­ ها و قارچ­ها به آن اضافه می­ شود. بعد از آماده نمودن محلول آلبومین، لام­های تمیز و خشک را برداشته یک قطره از محلول را روی هر یک از آنها قرار داده، بعد با نوک انگشت آن را در سطح لام پخش می­ شود. بعد از آماده شدن لام­ها، مقاطع بافتی را که در حمام آب گرم شناور هستند به روی لام­ها منتقل نمودند. اکنون لام­ها برای رنگ­آمیزی آماده هستند.
۱۰-۲) رنگ آمیزی مقاطع بافتی
برای بررسی خصوصیات فیزیکی اجزاء سلولی و ارتباطات بافت­ها، برش­های مورد نظر باید مورد رنگ­آمیزی قرار گیرند. اما قبل از انجام رنگ­آمیزی باید پارافین از مقطع روی اسلاید برداشته شود. برای این منظور و آب­دهی به بافت­ها، اسلایدها را به ترتیب از محلول­های ذیل عبور می­دهیم.
١- محلول گزیلل I ٣ دقیقه
٢- محلول گزیلل II ٣ دقیقه
٣- محلول گزیلول III ٣ دقیقه
۴- الکل ۹۶ درجه ۳ دقیقه
۵- الکل ٩٠ درجه ٣ دقیقه
۶- الکل ٨٠ درجه ٣ دقیقه
٧- الکل ٧٠ درجه ٣ دقیقه
بدین ترتیب مقاطع برای رنگ­آمیزی آماده می­گردند.
۱۱-۲) رنگ­آمیزی هماتوکسیلین و ائوزین (H&E)
جهت انجام این رنگ­آمیزی، لام­های آماده شده در مراحل قبل را به ترتیب از محلول­های ذیل عبور می­دهیم.
١- محلول هماتوکسیلین هاریس ١٣-١٠ دقیقه
٢- شستشو در آب جاری
٣- محلول اسید – الکل ٣ ثانیه
۴- شستشو در آب جاری
۵- محلول کربنات لیتیوم اشباع ۵-٣ دقیقه
۶- شستشو در آب جاری
٧- محلول ائوزین ٧ دقیقه
٨- شستشو در آب جاری
٩- الکل ٧٠ درجه ٠-١۵ ثانیه
١٠- الکل ٨٠ درجه ۴۵-٣٠ ثانیه
١١- الکل ٩٠ درجه ٣ دقیقه
١٢- الکل ۹۶ درجه ٣ دقیقه
١٣- محلول گزیلل I ٣ دقیقه
١۴- محلول گزیلل II ٣ دقیقه
١۵- محلول گزیلل III ٣ دقیقه
١-۱۱-۲) طرز تهیه اسید الکل
برای تهیه اسید الکل ١٠٠ میلی­لیتر الکل اتیلیک ٧٠ درجه با ١٠ میلی­لیتر اسید کلریدریک غلیظ مخلوط شد.
٢-۱۱-۲) طرز تهیه رنگ ائوزین
برای تهیه محلول رنگ ائوزین، یک گرم ائوزین در ١٠٠ میلی­لیتر آب مقطر حل شده و یک قطعه تیمول به عنوان محافظ به آن افزوده شد.