محمود بن عثمان حکایت هایی را از شیخ مرشد نقل کرده که نشان می دهد او نیز صاحب این کرامات بوده است. در حکایتی آمده که شیخ مرشد به اصحاب خود سفارش و توصیه کرده بود که چون نزدیک خویشان و برادران خویش رفتند ، مبادا بدون حضور یاران طعامی بخورند یا چیزی بگیرند اما یکی از اصحاب آن گاه که به دیدار مادرش رفته بود بر اثر اصرار مادر، مقدار خرما خورده بود. آن گاه که به پیش شیخ بازگشت: «شیخ گفت: نزد مادر چه کردی و پیش وی چه خوردی؟ من گفتم یا شیخ هیچ نخوردم. شیخ مرشد قدس الله روحه العزیز روی به من کرد و گفت یک خرما نیز نخوردی؟ چون شیخ این بگفت مرا هیبتی از وی در دل آمد و بدانستم که شیخ صاحب کرامات است و هیچ چیز از وی پوشیده نیست. استغفار کردم و بعد از آن بی حضور اصحاب چیزی نخوردمی.» (محمود بن عثمان ، ۱۳۳۳: ۱۴۲)
در حکایتی دیگر آمده است که جماعتی از اهل تصوف به کوه لبنان رفتند و سکنی گزیدند. این گروه از مردم کناره گرفته بودند و به محافظت احوال خویش مشغول بودند. آن گاه که صفت و سیرت و فضیلت شیخ مرشد را شنید به ایشان خرده گرفتند که چرا وی هم چنان در جمع مردم است و چرا هنوز از مردم کناره نگرفته است لذا تصمیم گرفتند که احوال شیخ را بدانند بنابراین از میان ایشان دو تن برخاستند و عزم کازرون کردند. اما شیخ بدون این که خبر داشته باشد به فراست از ورود آن ها آگاه شد و چنان از آن ها استقبال کرد و با آن ها رفتار نمود که آن دو نفر در آخر مرید وی شدند و در کنار او قرار گرفتند :

«چون به کازرون رسیدند مشام جان ایشان از نفحات غلبات اوقات شیخ قدس الله روحه العزیز معطر گشت. شیخ قدس الله روحه العزیز به فراست احوال ایشان بدانست. خادم را بخواند و گفت برو که دو عزیز از راه دور آمده اند. ایشان را برگیرد و به اعزازی تمام به خلوت خانه ی من بر، بعد از آن بیا و مرا خبر کن. شیخ ایشان را نوازش کرد و گفت آن عزیزان و دوستان من جون اند و حال ایشان چگونه است؟ خوش دل و مجموع خاطرند؟ هیچ پیغامی به ما فرستاده اند، آنچه فرموده اند بیاید گفت. شیخ این بگفت ایشان حیران بمانند از فراست شیخ.» (همان: ۱۹۱)
در حکایتی دیگر ،مؤلّف از محمد بن ابراهیم نقل می کند که روزی شیخ مرشد برای مردم و اصحاب مجلس می گفت. آن گاه که وی از مجلس گفتن فارغ شد، ابوسعید خراسانی در قدم شیخ افتاد و از خدمت او عذر می خواست و گریه و زاری می کرد. اصحاب علّت این کار را از او جویا شدند. ابوسعید در جواب می گوید: آن گاه که شیخ در مجلس بود و و عظ می کرد در خاطرم گذشت که من در علم فاضلتر از شیخ مرشد هستم. در این اندیشه بودم که:
«شیخ مرشد نظر بدان قندیل کرد که در مسجد آویخته بود در برابر وی گفت : بنگرید که به زبان حال آب و روغن را با هم دیگر مقالت است. آب با روغن می گوید که من از تو عزیزتر و فاضل ترم و همه به من محتاج اند. چونست که تو بر سر من نشسته ای و بر بالای من مقام داری؟ روغن جواب وی باز می دهد و می گوید چنین است که تو می گویی، و لیکن من رنجها دیده‌ام که تو ندیده ای از درودن و خرد کردن و کوفتن و آتش دیدن و در زیر سنگ گران افشردن . بعد از این همه سختی ها این زمان با نفس خود می سوزم و دیگران را روشنایی می بخشم. ازین سبب بر بالای تو مقام دارم . چون شیخ مرشد قدس الله روحه العزیز این اشارت بگفت بدانستم که از حال من خبر باز می دهد. این عذر از آن جهت خواستم.» (همان: ۱۴۰)
شخصی دیگر صحبت می کند که شیخ مرشد مرا در حالی دید که داشتم نسخ تفسیر ابوبکر نقاشی می کردم. شیخ به من گفت به خودت زحمت نده چرا که این کتاب که تو می نویسی به زودی می آورند « بعد از دو سه روز ابوعلی بن محمد از سفر بیامد و دو سلّه دفتر با وی بود برفت و به خدمت شیخ مرشد بود. شیخ فرمود تا به بام حجره برد. من برفتم و سر یک سله بگشادم. نگاه کردم و تفسیر ابوبکر نقاش بر سر آن کتاب ها نهاده بود. عجب بماندم از کرامات شیخ که مرا از پیش خبر داده بود.» (همان: ۱۴۶)
۳-۲-۱-۲- پیشگویی
در فردوس المرشدیه حکایاتی نقل شده که نشان می دهد افرادی از آینده خبر می دهند به عنوان مثال محمود بن عثمان از اشخاصی نام می برد که نقل کرده اند به نوعی از آمدن و ظهور شیخ ابواسحاق سخن گفته اند .
مولّف به نقل از محمد بن الفرح می نویسد: « شنفتم از بعضی از اصحاب شیخ ابوعمروبن علی که می گفتند شنفتیم از شیخ ابوعمر و بن علی رحمه الله علیه که می گفت نوری می بینم قوی از نورد کازرون که آن نور سر تا پای نورد گرفته است.» (محمود بن عثمان ، ۱۳۳۳: ۵۸) که منظور او از آن نور، شیخ مرشد بوده است.
هم چنین از ابراهیم بن علی نقل می کند که گفت: «روز پنج شنبه دیدم که شیخ ابوعمر و رحمه الله موی سر باز کرده و دست بر می مالید. پس روی به دید اهرنجان کرد و گفت: لا اله الا الله به ببینید آن نور که می تابد و وقت آنست که ظاهر شود و مردم روی به وی نهند و از وی فایده ها بینند و اسلام ظاهر کنند و دین اسلام به وی قوّت گیرد. ای بسیار پادشاهان و وزیران و امیران قصد زیارت وی کنند و در بقعه ی وی حاضر شوند.» (همان: ۵۸)
۳-۲-۱-۳ تبدیل مواد بی‌ارزش به مواد ارزشمند
محمود بن عثمان در حکایتی آورده است که شیخ ابواسحاق ، خاک را به گندم تبدیل نموده است ، ماجرا از این قرار است که در آن زمان که شیخ ابواسحاق به مکتب می رفت ، خشکسالی حادث شد و مردم در مضیقه و تنگنا قرار گرفتند. استاد از شیخ درخواست کرد تا مقداری گندم برای او بیاورد. شیخ مرشد این مسأله را با پدر و مادر خویش در میان گذاشت اما از قضا در خانه‌های آن ها هیچ گندم یافت نمی‌شد. مادر کیسه‌ای پر از خاک کرد و در گوشه ای نهاد . شیخ حال بپرسید . مادر جواب داد که باید گندم به آسیا ببریم و آن گاه به شیخ تحویل دهیم. صبح زود که شیخ قصد مدرسه کرد با خود اندیشید که سری به گندم بزند:
«برفت و سرانبانه بگشاد نگاه کرد و گندمی بغایت پاکیزه دید یک مشت از آن گندم برگرفت و مادر را آواز داد و گفت : این گندمی بغایت پاکیزه است و این گندم استاد را بهتر کار آید. مادر گفت : ای پسر این گندم را از کجا برگرفتی؟ گفت: از انبانه. مادر شیخ بیامد و در انبانه نگاه کرد و انبانه پر از گندم دید ، عجب بماند و متحیر شد. با خود اندیشه کرد و گفت این حال چگونه است؟ این ساعت خاک در انبانه کردم و این دم گندم شده است! بعد از آن او را معلوم شد که ا ین صفت از دولت و نیک بختی شیخ است.» (همان: ۱۵)
حکایت های مشابه این در مورد عارفان و اهل معرفت بسیار یافت می شود که چه بسا خاک را به زر تبدیل می کنند. افلاکی در حکایتی نقل می کند که در مجلس سماعی در حضور مولانا، قوالی با خود می گوید که بعد از سماع، بابت کارش چه قدر پول نصیبش می شود؛ مولانا بی درنگ از اندیشه ی او آگاه می گردد و مشتی خاک در دف او می ریزد که این خاک ها تبدیل به زر می شود: « هم چنان منقول است که کمال قوال که مصنف شهر و استاد دهر بود، مگر در سماع دوستی در ضمیرش گذشته باشد که عجب مرا در این سماع چه مقدار قوال اندرزی خواهد بودن؟ همانا که حضرت مولانا از روی زمین مشتی خاک برگرفته در دف او ریخت که بستان در دیده کن! در حال دید که دفش پری زر گشته بود و این غزل آغاز کرد:

درحکایتی دیگر نیز آمده است که فردی با ماسه‌ی کنار دریا و آب حلوا درست می‌کند : « آدم بن ابی ایاس گفت وقتی ما به عسقلان بودیم . جوانی بیامد و با ما بنشست و با ما حدیث کرد . چون از سخن فارغ شدیم برخاست و بر نماز ایستاد و یک دو سه روز با ما بود .
روزی ما را وداع کرد که برود به اسکندریه . پاره‌ای راه با وی بیرون شدم تا کناره‌ی دریا و دو سه درهم به وی دادم . منع کرد که فراگیرد . الحاح کردم بر وی تا فراگیرد . آن جوان یک کف رمل برگرفت و در رکوه کرد و پاره‌ای آب دریا بر سر آن رمل کرد و گفت بستان و بخور . چون بنگریستم آن رمل سویق بود که به شکر تمام آمیخته بود . پس گفت آن کس که حال او با خدای تعالی چنین باشد کی حاجت باشد به درهم تو . » ( محمودبن عثمان ، ۱۳۳۳ : ۸۴ )
۳-۲-۱-۴- تکلّم جنین
محمود بن عثمان درحکایتی از قول مادر شیخ ابواسحاق آورده که شیخ در حالی که هنوز قدم به عرصه‌ی هستی نگذاشته بود، ذکر خدا می گفت و مادرش این ذکر را می شنید : « نقل است از مادر شیخ که گفت شیخ در شکم من شش ماهه بود که ذکر گفتی، چنانکه آواز ذکر وی می شنفتم؛ و چون وقت زادن وی بود کسانی که پیش من نشسته بودند، آواز ذکر وی می‌شنفتند.» (همان : ۱۲)
۳-۲-۱-۵- خاموش کردن آتشکده‌های زرتشتیان
تا قبل از اینکه شیخ مرشد پای بر عرصه ی وجود بگذارد، نواحی کازرون و حتی بیشتر مردم این شهر گبر بوده اند، اما زمانی که شیخ دیده بر جهان گشود و بعد از مدتی خلق را به یکتاپرستی و توحید هدایت کرد، دین اسلام نیز قوّت گرفت. و هر روز این شیخ در کار گبران خلل ایجاد می کرد و آن ها را یارای مقابله با شیخ و اصحاب وی نبود. از جمله کرامات وی در این زمان خاموش کردن آتش خانه های گبران با اذان گفتن وی بود که چیزی شبیه به معجزه بود و این امرخاموش شدن آتشکده ی فارس با تولد حضرت محمد (ص) را در ذهن تداعی می کند :
«تا آن زمان که شیخ مرشد قدس الله روحه العزیز پدید شد و حق تعالی و تقدس او را از لطف خود پیدا کرد و مقتدا و پیشوای اهل اسلام گردانید. واز برکات انفاس شریف وی هر روز که می بود مسلمانان غالب می شدند و گبران نقصان می پذیرفتند و چنین گویند که در حوالی کازرون چند آتش خانه های گبران بود که سال ها بود که شب و روز آتش می کردند و می پرستیدند و هرگز آن آتش نمرده بود. چون شیخ مرشد قدس الله روحه العزیز بانگ نماز گفتی به یک بارگی آن آتش خانه ها همه فرو مردندی و آتش پرستان همه اسیر و فرومانده می شدند و هیچ چاره نداشتند . » (همان : ۲۹ )
۳-۲-۱-۶- دیدار با ارواح
مؤلّف از شیخ شمس الدین نقل می کند که در حالت سکر عارفانه خویش را در آسمان می‌یابد با ارواح دیدار می‌کند : «شیخ شمس الدین گفت: چون روی خود در حضرت شیخ نهادم ذوقی و شوقی در من پدید آمد و حالتی در من پدید شد، چنانکه از خود به در شدم جای خود در آسمان دیدم.
در حضرت حق و ارواح جمله ی انبیاء دیدم در آن حضرت که ایستاده بودند. و از هیبت حق تعالی همه متحیر و ناپروا بودند. روح شیخ مرشد قدس الله روحه العزیز دیدم که در حضرت حق جلّ و علا راه بود و بس. در حضرت حق می رفت و باز می آمد و هیچ کس از اسرار او با حضرت حق تعالی آگاه نه و به جز از شیخ مرشد قدس الله روحه العزیز اندر آن حضرت هیچ کس راه نبود. (محمود بن عثمان ، ۱۳۳۳: ۳۱-۳۲ )
۳-۲-۱-۷- سخن گفتن با حیوانات و اعمال نفوذ بر آن‌ها
از جمله کرامات اهل معرفت و معنی می توان به سخن گفتن با حیوانات اشاره کرد. محمود بن عثمان در حکایتی آورده است که شیخ ابواسحاق در حضور اصحاب با شیری که در غل و زنجیر است ، سخن می گوید و از او سوال هایی می کند و جواب های شیر را به یاران می‌گوید:
«آن شیر چون شیخ بدید در خاک افتاد و تیز در شیخ مرشد می نگریست. بعد از آن شیخ مرشد قدس الله روحه العزیز گفت یا شیر چه کردی که در بند اوفتادی؟ تو همه روز صید چیزها می کردی، امروز چه شد که ترا صید کردند و اسیر گرفتند و از وطن خو ترا بیرون آوردند؟» (همان: ۲۹۰) آن گاه شیخ مرشد جواب شیر را برای اصحاب بازگو می کند: «گفت: اعتماد بر نفس خود مکنید که شیطان دام های بسیار است و باشد که ما در آن دام افتاده ایم و نمی دانیم.» (همان: ۲۹۰)
آنگاه شیخ سؤال دوم را از شیر می پرسد. «چگونه نمی دانیم.» (همان: ۲۹۰) . آن شیخ سؤال دوم را از شیر می پرسد. «چگونه است که در گردن تو زنجیرها می بینم؟ چگونه است که در دست تو سلسله ها می بینم؟» (همان: ۲۹۰) آن شیخ رو به حاضران و جواب شیر را این گونه بیان می کند: «ای که عمر درازی داری و کارها بساز داری و زر و سیم بی شمار داری و خزانه ی جو و گندم بسیار داری! چون نوبت تو در آید آن ها تو را هیچ سود نکند. ای برادر بترس و بر حذر باش که در این راه خطرهای بسیار است و عقب های بی شمار است.» (همان: ۲۹۰)
در حکایتی دیگر شیخ با گاوی سخن می‌گوید و از او درخواستی می کند و گاو سخن او را اطاعت می‌کند : « ابوالقاسم خیاط المؤدّب گفت در محلت مصلّی کازرون پیرزنی بود و او را گاوی بود که شیر بسیار داشت و هرروز آن گاو پنج من شیر بیش و کم دادی و آن بیوه زن ، آن شیر می‌فروختی و نفقات وی از آن بودی . آن گاو شیر خود خوردن آموخت و آن بیوه زن فرومانده شد .
برفت و زنبیلی در گردن آن گاو کرد تا مگر شیر نخورد . هیچ سود نداشت . اتفاق یک روز شیخ مرشد قدّس الله روحه العزیز در آن محلت می گذشت . آن پیرزن خبردار شد . برخاست و آن گاو برگرفت و بر سر راه شیخ آورد و حال بگفت .