در مقابل از نظر حقوق بین الملل بشر، تبعیض و تفاوت در بهره مندی از حقوق شهروندی، تا جایی که با حقوق بنیادین بشر منافات نداشته باشد، به ویژه براساس تبعیض بین تبعه و غیر تبعه، به نظر می رسد که رسمیت یافته است.
به نظر می رسد که حقوق ایران نیز از نظر کلاسیک پیروی می کند که طبق آن تابعیت در میزان بهره مندی از حقوق شهروندی تأثیر کلی یا جزیی دارد و طبق مقررات، تفاوت های بارزی بین افراد ساکن در کشور ایران براساس معیار تابعیت وجود دارد.( جهت بررسی دقیق اثر تابعیت در حقوق ایران در حقوق اشخاص رجوع شود به:حق دارا بودن تابعیت به عنوان حق بشری و چگونگی اعمال آن در حقوق داخلی ایران، مریم السادات گلدوزیان، پایان نامه کارشناسی ارشد، دانشکده ی حقوق دانشگاه علامه ی طباطبایی، سال تحصیلی ۸۵-۸۴٫)
۱-۱۰-۱-مبحث اول،حقوق مدنی
این حقوق شامل موارد متعددی است، مثل حق آزادی، مصونیت از تعرض، آزادی بیان، مذهب، برابری در برابر قانون، ممنوعیت تبعیض بر اساس جنس، نژاد، منشأ ملی یا زبانی حمایت از شخص در برابر اقدامات غیرقانونی دولت مثل حبس (غیرقانونی) یا کار اجباری.
مهم ترین حقی که همه و به ویژه بیگانگان و اقلیت ها باید از آن برخوردار باشند حق امنیت است. پیامبر(ص)، در پیمانی که با یهود و دیگر ساکنان مدینه بستند، تأکید داشتند که در مدینه همه در امنیت کامل هستند و هیچ کس حق تعرض به کسی را ندارد. در صورت بروز جنگ با کفار، ابتدا تنها دعوت آنان به اسلام لازم است و در صورت عدم پذیرش، جنگ مجاز است، اما در مورد اقلیت ها، در صورت عدم پذیرش دعوت، در صورت امکان انعقاد پیمان هم زیستی، جنگ با آنها ممنوع است. پیامبر اکرم(ص) خالدبن ولید را با لشکری به مقابله با دشمنان فرستاد. خالد به گروهی از اهل کتاب برخورد کرد و پس از عدم پذیرش اسلام با آنان جنگید و عده ای را کشت. پیامبر(ص) از این موضوع ناراحت شد و دستور داد که دیه کشته ها از بیت المال به خانواده هایشان پرداخت شود (شریعتی، ۱۳۸۵ ،۱۳۱).
از جمله حقوق مدنی اشخاص، حق استقلال در احوال شخصیه است. اقلیت های به رسمیت شناخته شده در کشور اسلامی آزادند که براساس دین خود در موضوعاتی مانند ازدواج، طلاق، ارث و وصیت عمل کنند و دادگاه اسلامی نیز باید در این امور، بر طبق مذهب خود اشخاص عمل کنند (شریعتی، ۱۳۸۵، ۲۳۵).
در حقوق ایران نیز بر اساس اصول ۱۲ و ۱۳ قانون اساسی اقلیت های کلیمی، زردتشتی و مسیحی در احوال شخصیه، مثل ازدواج، طلاق، ارث، وصیت، نسب، نفقه، مهریه تابع مذهب خودشان هستند. طبق قانون اجازه رعایت احوال شخصیه ایران غیر شیعه محاکم، مصوب ۱۳۱۲ و نیز رأی وحدت رویه ۳۷-۱۳۶۳/۹/۱۹ هیأت عمومی دیوان عالی کشور، دادگاه ها موظفند برای ایرانیان غیر شیعه، که مذهب آنها به رسمیت شناخته شده است مثل مذاهب اهل سنت، مذاهب مسیحی کاتولیک، پروتستان و ارتدکس، بر طبق قواعد و عادت مسلمه ی متدواله ی مذهب آنها رأی بدهند، مگر این که مخالف انتظامات عمومی باشد.

در حمایت از اهل ذمه احادیث متعددی از رسول اکرم(ص) نقل شده است.
قال رسول الله(ص): «الا من ظلم معاهدا، او کلفه فوق طاعته، او اخذ منه شیئاً بغیر طیب نفسه فأنا حجیجه یوم القیامه»؛ آگاه باشید کسی که به غیر مسلمانی (که با مسلمانان پیمان و معاهده بسته است و مقررات پیمان را اجرا می کند و بر ضد منافع مسلمین فعالیت نمی کند) ستم روا دارد و یا او را تکلیف مالایطاق کند یا مالی را بدون رضایت وی از او بگیرد، من در روز قیامت با او احتجاج می کنم. 
امام علی(ع) فرمود: «انسان ها دو دسته اند یا بردار دینی تو هستند یا در آفرینش با تو یکسان هستند» (نراقی، ۱۳۸۵، ۶۰۳)
۱-۱۰-۲- مبحث دوم،حقوق سیاسی
حقوقی است که برای مشارکت فعالانه در فرایند های آزاد حکومت ضروری است و موارد زیر را در بر می گیرد.
حق رأی و امکان تصدی مسؤولیت در سطح حکومت، آزادی گردهمایی و تشکیل انجمن، آزادی دسترسی به اطلاعات و امکان فعالیت های سیاسی.
حق آزادی بیان و عقیده و آزادی عمل در انجام اعمال مذهبی توسط اقلیت ها، از مهم ترین حقوق شهروندی است. مطالعه ی سیره پیامبر اسلام(ص) در دعوت گروه های مختلف اهل کتاب که در شبه جزیره ی عربستان و یا مناطق مجاور سکونت داشتند و توصیه هایی که آن حضرت(ص) به هیأت های اعزامی مبلغین و نمایندان رسمی و نامه بران داده می شد با توجه به مضمون نامه ها و پیام ها و متن قراردادها می تواند ما را به میزان احترامی که اسلام به عقیده و ایمان گروه های مخالف، مخصوصاً اهل کتاب قائل است رهنمون باشد. موضوع آزادی و احترام به عقیده و محکومیت اصل اجبار و تحمیل ،تنها ویژه ی مسائل اعتقادی نبوده در عمل نیز جاری است. اسلام اجبار غیر مسلمانان را به انجام مراسم و آداب اسلامی محکوم می شمارد تا آن جا که مرحوم محقق در شرایع می گوید: مرد مسلمان هرگاه همسر یهودی یا نصرانی داشته باشد، نمی تواند وی را به انجام غسل وادار نماید. (عمید زنجانی، ۱۳۷۰ و ۱۵۷-۱۵۸).
پیامبر اکرم(ص) به نمایندگان و علماء و روحانیون اقوام غیر مسلمان که به مدینه می آمدند، احترام بسیار می گذاشت و اجازه می داد آزادانه انتقادها و اشکالات خود را بازگو کنند و خود با آنان از طریق برهان و استدلال گفتگو می کرد (عمید زنجانی، ۱۳۷۰ و ۱۵۷-۱۵۸).
در دوران خلافت پنج ساله ی حضرت علی(ع) به بهترین وجهی حق آزادی بیان و سایر آزادی های مشروع رعایت شد و شیوه ی برخورد وی با متعصب ترین و بی منطق ترین مخالفان حکومتش یعنی گروه خوارج، گواه این مدعاست (مهرپور، ۱۳۷۲، ۱۵۵).
منع تجسس، حفظ آزادی های فردی و حفظ حریم خصوصی اشخاص، گر چه می تواند جزو گروه حقوقی مدنی باشد، اما علاوه بر جنبه های حقوق مدنی دارای جنبه های حقوق سیاسی نیز می باشد. در شرح نهج البلاغه ابن ابی الحدید (جلد اول، ص ۱۸۲) آمده است که عمر شبی را به گشت زنی در مدینه مشغول بود که در برابر خانه ای صدای زن و مردی را شنید و به شک افتاد، از دیوار خانه بالا رفت و وارد خانه شد. زن و مردی را دید که جلوی آنها ظرف شرابی قرار داشت. خطاب به آن مرد گفت: ای دشمن خدا آیا می پنداری خداوند کار تو را مخفی نگه می دارد، در حالی که به معصیت او مشغولی؟ سپس آن مرد به عمر گفت: اگر من یک خطا مرتکب شدم تو مرتکب سه خطا شده ای. زیرا خداوند در قرآن فرموده است تجسس نکنید (و لا تجسسوا ـ حجرات، ۱۲) و تو به تجسس در کار ما پرداختی. خداوند فرموده از در خانه وارد شوید (و اتواالبیوت من ابوابها ـ بقره، ۱۸۹) و تو از دیوار وارد شدی. خداوند فرموده تا از اهل خانه اذن نگرفتید وارد نشوید و وقتی وارد شدید سلام کنید (یا ایها الذین آمنوا لا تدخلوا بیوتاً غیر بیوتکم حتی تستانسوا و تسلموا علی اهلها ـ نور، ۲۷) و تو بی اذن وارد شدی و سلام نکردی. سرانجام عمر آنها را رها کرد و رفت (مهرپور،۱۳۷۲،ص ۱۶۴).
در مورد آزادی شرکت در فعالیت های اجتماعی، فرهنگی و بهداشتی عام المنفعه و تشکیل جمعیت یا کانون در موارد فوق توسط اقلیت ها به نظر نمی رسد که منعی وجود داشته باشد، اما در مورد تشکیل جمعیت ها و احزاب سیاسی توسط اقلیت های دینی به نظر می رسد که دیگر نمی توان اصل بر آزادی آنها در موارد فوق دانست، زیرا لازمه ی رعایت قواعد نفی سبیل، اصل سیادت (الاسلام یعلو و لا یعلی علیه) و لزوم رعایت اصل استقلال و حاکمیت مسلمین و دولت اسلامی، نفی یا محدودیت فعالیت های سیاسی غیر مسلمانان است.
در حقوق ایران، طبق اصل بیست و سوم قانون اساسی، «تفتیش عقاید ممنوع است و هیچ کسی را نمی توان به صرف داشتن عقیده ای مورد تعرض و مؤاخذه قرار داد».
طبق اصل ۲۰: «بازرسی و نرساندن نامه ها، ضبط و فاش کردن مکالمات تلفنی، افشای مخابرات تلگرافی و تلکس، سانسور، عدم مخابره و نرساندن آنها، استراق سمع و هر گونه تجسس ممنوع است، مگر به حکم قانون». همچنین طبق اصل بیست و ششم:
«احزاب، جمعیت ها، انجمن های سیاسی و صنفی و انجمن های اسلامی یا اقلیت های دینی شناخته شده آزادند، مشروط به این که اصول استقلال، آزادی، وحدت ملی، موازین اسلامی و اساس جمهوری اسلامی را نقض نکنند. هیچ کس را نمی توان از شرکت در آنها منع کرد یا به شرکت در یکی از آنها مجبور ساخت».
با توجه به قانون و مقررات انتخابات و نیز قانون فعالیت احزاب در جمهوری اسلامی ایران می توان گفت که بیگانگان از حق رأی دادن و یا انتخاب شدن و نیز از حق تشکیل احزاب و یا انجمن های سیاسی و نیز فعالیت های سیاسی ممنوع هستند. بند ۱ ماده ی ۲۱ اعلامیه ی جهانی حقوق بشر می گوید:
«هر کس حق دارد که در اداره ی امور عمومی کشور خود، خواه مستقیماً و خواه با وساطت نمایندگانی که آزادانه انتخاب شده باشند، شرکت جوید».
با توجه به عبارت «کشور خود» می توان گفت اختصاص حق فعالیت های سیاسی به اتباع و محرومیت خارجیان از آن، در اعلامیه ی جهانی حقوق بشر به رسمیت شناخته شده است.
۱-۱۰-۳-مبحث سوم،حقوق اقتصادی ـ اجتماعی
حقوق اقتصادی ـ اجتماعی، که از آن به «عضویت کامل در عرصه ی اجتماعی جامعه» نیز تعبیر شده است، موارد زیر را در بر می گیرد:
حق مالکیت، حق کارکردن، برابری در فرصت های شغلی، حق بهره مندی از خدمات اجتماعی ـ بهداشتی، بهره مندی از تأمین اجتماعی و استاندارد زندگی متناسب برای شخص و حمایت از شخص در مواقع بیکاری، پیری و از کار افتادگی.
از جمله مهم ترین حقوق اقتصادی ـ اجتماعی حق کارکردن و تأمین معاش است.
رسول اکرم(ص) می فرماید: «اصلحوا دنیاکم»؛ دنیای خود را اصلاح کنید، و نیز می فرمایند: «طوبی لمن اسلم و کان عیشه کفافاً»؛ خوشا آن کسی که مسلمان است و معیشت به اندازه کافی دارد. البته توصیه های اجتماعی رسول اکرم(ص) غالباً با اندرزهای اخلاقی و ذکر آخرت همراه است. همچنین از ایشان نقل شده که: «طوبی لمن هدی الاسلام و کان عیشه کفافاً و قنع»؛ خوشا آن که با اسلام هدایت شود، معیشت او به حد کافی باشد و قناعت کند (ابوالقاسم پاینده ، ۱۳۸۵، ۵۸، ۲۹۳ و ۲۹۴)
لازمه ی تضمین حقوق اقتصادی، تضمین حق مالکیت است. هر کس مالک اموال و اشیایی است که به طور مشروع به دست آورده است، این حق ارتباطی با دین و کیش فرد ندارد و هر کس که حق سکونت در کشور اسلامی را دارد، از حق مالکیت برخوردار است. البته کفار و افرادی که در جنگ با کشور اسلامی به سر می برند اموالشان حکم غنیمت را دارد. افراد ساکن کشور اسلامی که با دولت اسلامی پیمان بسته اند، اموالشان در پناه حاکمیت بوده و از امنیت کامل برخوردار است. حضرت علی(ع) فرموده اند: «لا تمسن مال احد من الناس مصل و لا معاهد»؛ هرگز به مال فردی از مردم نماز خوان یا معاهد (غیر مسلمانی که در پناه حکومت اسلامی زندگی می کند) دست نزنید. پیامبر اکرم(ص) نیز در معاهده ی مدینه تعرض به اموال معاهدان را ممنوع کردند و این حکم شامل همه ی اشیایی است که نزد آنان مال محسوب می شود و همه را امت واحده خواندند. فقها دزدی از کافر را مشروع نمی دانند. در تاریخ آمده که در جریان جنگ خیبر، قبل از فتح قلعه، چوپان یهودیان اسلام آورد و گله گوسفندان را نزد پیامبر(ص) آورد تا به ایشان تسلیم کند. پیامبر(ص) در حالی که همه ی سربازان گرسنه بودند قبول نکرده و به وی سفارش کردند که این گله در دست تو امانت است، باید به صاحبانش برگردانی (شریعتی، ۱۳۸۵ ،۱۳۰). در حقوق ایران، طبق اصل چهل و ششم قانون اساسی: «هر کس مالک حاصل کسب و کار مشروع خویش است و هیچ کس نمی تواند به عنوان مالکیت نسبت به کسب و کار خود امکان کسب و کار را از دیگری سلب کند».
از جمله حقوق اجتماعی که در زمره ی نیازهای اساسی ا نسان برای زندگی در جامعه است، حق مسکن می باشد. رسول اکرم(ص) می فرمایند «ثلاث من نعیم الدنیا و ان کان لانعیم لها. مرکب وطیء و المراه الصالحه والمنزل الواسع»؛ سه چیز از نعیم دنیاست، اگر چه دنیا را نعیمی نیست، مرکب راهوار، زن پارسا، خانه ی وسیع.
همچنین می فرمایند: «خیرالمجالس اوسعها»؛ بهترین مجالس آن است که وسیع تر باشد (ابوالقاسم پاینده ، ۱۹۷ و ۲۲۸).
در حقوق ایران اصل سی و یکم قانون اساسی چنین مقرر می دارد:
«داشتن مسکن مناسب با نیاز، حق هر فرد و خانواده ی ایرانی است». بنابراین، در حالی که دستور رسول اکرم(ص)، خانه ی وسیع برای همگان است، اصل ۳۱، این حق را صرفاً برای ایرانیان و آن هم در حد نیاز به رسمیت شناخته است. غیر ایرانیان برای داشتن مسکن، طبق مقررات دارای محدودیت های زیادی هستند (سلجوقی، ۱۳۷۰، ۳۴۶). این محدودیت ها، در عمل، مضاعف می گردد.
از دیگر حقوق مهم اجتماعی، که دارای جنبه های فردی نیز هست، حق برخورداری از استراحت و تفریح و استفاده از اوقات فراغت برای همگان است. 
پیامبر اعظم(ص) می فرمایند: «الهوا و العبوا فانی اکراه ان یری فی دینکم غلظه»؛ تفریح کنید و بازی کنید زیرا دوست ندارم که در دین شما خشونتی دیده شود و نیز این که «ان الله لا یواخذ المزاح الصادق فی مزاحه»؛ خداوند شخصی را که بسیار شوخی می کند و در شوخی خود صادق باشد، مؤاخذه نمی کند (ابوالقاسم پاینده ، ۸۷ و۱۲۲)
حق برخورداری از تفریح و اوقات فراغت، به عنوان یکی از حقوق ملت، در هیچ یک از اصول قانون اساسی ذکر نشده است. بدیهی است که در صورت ذکر در قانون اساسی، قانوناً برای ارگان های دولتی تکلیف اجرای آن به وجود می آمد و تمامی مقررات و مصوبات همزمان با ایجاد اشتغال و درآمد کافی برای همگان، امکانات و توان استفاده از اوقات فراغت و تفریح را فراهم می آورد.
در بین اقشار اجتماع، همگان بر حق والای مادران اذعان دارند. پیامبر اعظم(ص) نیز بر حق مادران تأکید زیادی نموده است. ایشان فرموده اند:
«امک، امک ثم امک ثم اباک ثم الاقرب فالاقرب»؛ مادرت، مادرت، سپس مادرت، بعد از آن پدر خود را و پس از آن کسانی را که به تو نزدیک ترند. حدیث مشهور «الجنه تحت اقدام الامهات» را همگان شنیده اند که بهشت زیر پای مادران است. (ابوالقاسم پاینده ، ۸۹ و ۲۰۴).
بند ۱۲ اصل ۲۱ قانون اساسی نیز بر حمایت از مادران، به ویژه در دوران بارداری و حضانت فرزند، تأکید دارد و مجموعه ی مقرراتی که در قوانین استخدامی، مثل قانون خدمت نیمه وقت بانوان، مصوبه مجمع تشخیص مصلحت نظام درباره ی افزایش حق حضانت فرزند توسط مادر از ۲ سالگی به ۷ سالگی و سایر مقررات وضع شده، همسو بودن جهت گیری قانون گذار را با سخنان رسول اکرم(ص) در حمایت مادی ومعنوی از مادران نشان می دهد. البته در مورد اجرای بند ۳ اصل ۲۱ قانون اساسی، تکلیف دولت در ایجاد بیمه ی خاص بیوه ها و زنان سالخورده و بی سرپرست به نظر می رسد که گام اساسی برداشته نشده است. از طرف دیگر با توجه به این که، در مجموع، بیگانگان مقیم ایران از حمایت های اجتماعی کم تری نسبت به ایرانیان برخوردارند، این محرومیت ها شامل مادران غیرایرانی ساکن ایران نیز می شود.
از مهم ترین حقوق اجتماعی، حق رفاه برای همگان است. منقول است که حضرت امیر(ع) از کوچه ای می گذشتند. پیرمردی را دیدند که تکدی می کند، پرسیدند چرا چنین است. اصحاب گفتند او فردی مسیحی است. حضرت فرمودند «تا توان داشت از او کار کشیدید حال که ناتوان شده او را رها کرده اید، از این پس از بیت المال به او روزی دهید.» پیامبر اکرم(ص) نیز در مواردی از بیت المال به غیر مسلمانان کمک می کرد. برای مثال عبدالله بن سهل، از طرف ایشان، مأمور به جمع آوری سهم مسلمانان از محصولات خیبر شد. پس از مدتی جسد او را در مزارع خیبر یافتند. از قاتل اطلاع دقیقی در دسترس نبود و پیامبر(ص) به سران یهود نامه نوشتند که جسد مسلمانی در سرزمین شما پیدا شده باید دیه ی آن را بپردازید. در پاسخ قسم یاد کردند که ما در کشتن او نقشی نداشته ایم و از قاتل نیز اطلاعی نداریم. پیامبر(ص) بر آنان سخت نگرفت و دستور دادند که دیه مقتول از بیت المال مسلمانان پرداخت گردد (شریعتی، ۸۵، ۱۳۵ و ۱۳۶)
تأمین اجتماعی نقش مهمی در حق رفاه برای افراد دارد. مجموعه ی اقدامات سازمان یافته ای که جامعه برای حمایت از اعضای خود به هنگام تنگناهای اقتصادی و اجتماعی (مانند بیماری، بیکاری، حادثه ی ناشی از کار، پیری، از کار افتادگی و مرگ سرپرست خانوار) پیش بینی و انجام می دهد، تأمین اجتماعی نامیده می شود (سنگری، ۱۳۸۴ ،۱۱).
در حقوق ایران، گر چه اقدامات بسیاری در جهت حقوق تأمین اجتماعی انجام شده است، اما هنوز نواقص و کاستی های بسیار مهمی وجود دارد که از یک طرف بسیاری از ایرانیان از این حقوق به طور جزیی یا کلی محروم هستند و از طرف دیگر غیر ایرانی های ساکن ایران تقریبا به کلی از حقوق تأمین اجتماعی محروم هستند و این تبعیض ناروا و غیر قابل توجیه است.
در ماده ی ۸۸ قانون برنامه ی چهارم توسعه ی اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران در بند هـ، وزرات بهداشت، درمان و آموزش پزشکی موظف شده است در مورد ذیل اقدام نماید.
«طراحی و استقرار نظام جامع اطلاعات سلامت شهروندان ایرانی». بنابراین صراحتاً افراد غیر ایرانی از نظام جامع اطلاعات سلامت جامعه خارج شده اند. در تبصره ی ماده ی یک قانون بیمه بیکاری، مصوب ۱۳۶۹/۶/۲۶ مجلس شورای اسلامی، اتباع خارجی صراحتاً از شمول این قانون مستثنی شده اند. در قانون ساختار نظام جامع رفاه و تأمین اجتماعی، مصوب ۸۳/۲/۲۱ مجلس شورای اسلامی، طبق تبصره ی ۳ ماده ی یک آن بهره مندی شهروندان خارجی مقیم ایران، منوط به رعایت شرط عمل متقابل و نیز در چهارچوب مقاوله نامه ها و قراردادهای بین المللی مصوب شده است.